潜流湿地的主体结构类似表面流人工湿地，但污水在基质中流动时，水面低于基质表面，呈潜流状态，因而一方面充分利用了基质表面生长的生物膜、丰富的植物根系及基质的截留作用，提高了处理效果和处理能力，另一方面由于水流一直在基质表面以下流动，避免了表面流湿地中的蚊蝇及臭味问题，并一定程度上降低温度变化的影响。