博物馆新馆的设计结合了传统的苏州建筑风格，把博物馆置于院落之间，使建筑物与其周围环境相协调。博物馆的主庭院等于是北面拙政园建筑风格的延伸和现代版的诠释。
在墙角处用石板摆出山的造型，弥补了山水景观中的山，同时赋予了博物馆另一方韵味。
说到苏州博物馆，我们不得不提到建筑大师贝聿铭，作为最后一个现代主义建筑大师，他被人描述成为一个注重于抽象形式的建筑师。他喜好的材料只包括石材、混凝土、玻璃和钢。
苏州博物馆新馆是国内首座、也是唯一由贝聿铭亲自设计的现代化博物馆，苏州博物馆新馆建筑群座北朝南，被分成三大块：中央部分为入口、前庭、中央大厅和主庭院；西部为博物馆主展区；东部为次展区和行政办公区。这种以中轴线对称的东、中、西三路布局，和新馆东侧的忠王府格局相互印衬，十分和谐。为充分尊重所在街区的历史风貌，博物馆新馆采用地下一层，地面一层为主，主体建筑檐口高度控制在6米之内；中央大厅和西部展厅安排了局部二层，高度16米，未超出周边古建筑的最高点。新馆正门对面的步行街南侧，为河畔小广场，杨柳依依，桃花灿灿。小广场两侧按“修旧如旧”原则修复的一组沿街古建筑，古色古香，成为集书画、工艺、茶楼、小吃等于一体的公众服务配套区。
新馆的色调采用传统的粉墙黛瓦，但表达方式却是全新的。高低错落的新馆建筑中，用颜色更为均匀的深灰色石材做屋面和墙体边饰，与白墙相配，清新雅洁，为粉墙黛瓦的江南建筑符号增加了新的诠释内涵。在新馆建筑的构造上，玻璃、开放式钢结构让现代人可以在室内借到大片天光，屋面形态的设计突破了中国传统建筑“大屋顶”在采光方面的束缚。室内设计部分，包括陈列展览设计均经贝聿铭本人审定，以保证内外风格和所有功能的谐调统一。新馆不仅有建筑的创新，还有园艺的创新，新馆园林造景设计是在传统风景园林的精髓中提炼而出的，由池塘、假山、小桥、亭台、竹林等古典园林元素组成的现代风格的山水园，与传统园林有机结合，成为一代名园拙政园在当今的创造性延续。